Proseminar Pattern-Matching mit Anwendungen in der Bio-Informatik

» Diese Veranstaltung wird auf deutsch gehalten.

Proseminar im Wintersemester 2001/2002

ArtTermine/OrtVeranstalter
Ü2 Do 10:00-11:30, 5052 Cachat, Löding, Wöhrle

Inhalt

  • Textanalyse: String-Matching-Algorithmen
  • DNA-Analyse:
    • Sequence-Comparison
    • Fragment-Assembly
    • Genome-Rearrangement

Liste der Vorträge

  1. 18.10.01, 10 Uhr, Raum 5052
    String-Matching: Algorithmen von Knuth-Morris und Knuth-Morris-Pratt
    Vortragende: Seong Nam Cho und Sebastian Krämer
    Betreuer:Thierry Cachat
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 3

  2. 25.10.01, 10 Uhr, Raum 5052
    String-Matching: Algorithmus von Boyer-Moore
    Vortragende: Flavia Ullrich und Henning Begerau
    Betreuer: Thierry Cachat
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 4

  3. 08.11.01, 10 Uhr, Raum 5052
    Vergleichen von Strings: Einführung, Basisalgorithmus zum Vergleich von zwei Strings
    Vortragende: Jörg Beckers und Andre Kolbe
    Betreuer: Christof Löding
    Literatur: Setubal, Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, Kapitel 3

  4. 15.11.01, 10 Uhr, Raum 5052
    Vergleichen von Strings: Erweiterungen zum Basisalgorithmus
    Vortragende: Sarah Horsten und Heike Karolin Haegert
    Betreuer: Christof Löding
    Literatur: Setubal, Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, Kapitel 3

  5. 22.11.01, 10 Uhr, Raum 5052
    Vergleichen von Strings: Heuristiken zum Vergleich von mehreren Strings
    Vortragende: Henning Kiel und Philipp Vorst
    Betreuer: Christof Löding
    Literatur: Setubal, Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, Kapitel 3

  6. 29.11.01, 10 Uhr, Raum 5052
    Suffix Bäume: Einführung, Algorithmus von McCreight
    Vortragende: Nina Beckmann und Tobias Karns
    Betreuer: Stefan Wöhrle
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 5

  7. 06.12.01, 10 Uhr, Raum 5052
    Suffix Bäume: Algorithmus von Weiner, Anwendugen
    Vortragende: Andreas Holtkamp und Christian Kohlschein
    Betreuer: Stefan Wöhrle
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 5

  8. 13.12.01, 10 Uhr, Raum 5052
    DNA Fragment Assembly: Einführung, ein Greedy Algorithmus für das allgemeine Problem
    Vortragende: Ilja Bezrukov und Jörg Mauler
    Betreuer: Thierry Cachat
    Literatur: Setubal, Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, Kapitel 4

  9. 20.12.01, 10 Uhr, Raum 5052
    DNA Fragment Assembly: Fragmente mit genug Überlappung
    Vortragende: Johanna Rauchenberger und Carsten Heinz
    Betreuer: Thierry Cachat
    Literatur: Setubal, Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, Kapitel 4

  10. 10.01.02, 10 Uhr, Raum 5052
    Subword Graphs: Einführung, ein Online Algorithmus
    Vortragender: Stefan Wöhrle
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 6

  11. 17.01.02, 10 Uhr, Raum 5052
    Subword Graphs: String-Matching mit Subword Graphs
    Vortragende: Daniel Behnen und Andreas Hermanns
    Betreuer: Stefan Wöhrle
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 6

  12. 24.01.02, 10 Uhr, Raum 5052
    Genome Rearrangements: Einführung, Approximation für ungerichtete Blöcke
    Vortragende: Verena Vorbrueggen und Tieu Duyen Chung
    Betreuer: Christof Löding
    Literatur: Setubal, Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, Kapitel 7

  13. 31.01.02, 10 Uhr, Raum 5052
    Genome Rearrangements: Ein Polynomzeitverfahren für gerichtete Blöcke
    Vortragende:Martin Heracles und Damian Lubosch
    Betreuer: Christof Löding
    Literatur: Setubal, Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, Kapitel 7

  14. 07.02.02, 10 Uhr, Raum 5052
    Regularitäten
    Vortragende: Michael Becker und Jan Hartjes
    Betreuer: Stefan Wöhrle
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 8

  15. 14.02.02, 10 Uhr, Raum 5052
    Textkomprimierung: Statische und dynamische Huffman Codes
    Vortragender:Frank Wefers
    Betreuer: Thierry Cachat
    Literatur: Crochemore, Rytter: Text Algorithms, Kapitel 10

Literatur

  • J. Setubal und J. Meidanis, Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997
  • M. Crochemore und W. Rytter, Text Algorithms, Oxford University Press, 1994